prof_afv

Categories:

Вариант G614 вируса SARS-CoV-2. Что известно и что это значит? Часть 2

Краткое содержание части 1 (https://prof-afv.livejournal.com/28403.html)

В первоначальном варианте SARS-CoV-2 в SPIKE белке в позиции 614 стоит аминокислота D. Затем, скорее всего в Китае, появился новый вариант вируса, у которого в этой позиции стоит аминокислота G. Этот вариант (G614), начиная с 20-х чисел февраля 2020г., стал быстро распространятся, сначала в Италии, затем почти по всему миру, «замещая» вариант D614. Одним из возможных объяснений этого феномена является большая контагиозность варианта G614 по сравнению с D614. Но, даже если это и так (что нельзя считать доказанным), более высокая контагиозность не означает большую опасность вируса. 

В этом посте обобщены сравнительные данные о различных характеристиках вариантов G614 и D614. Также как и в предыдущем посте эти данные из статьи: https://www.cell.com/cell/pdf/S0092-8674(20)30820-5.pdf

Вызывает ли вариант G614 более тяжелые формы COVID-19?

Похоже, что нет. Почему «похоже»? Казалось бы чего проще? Нужно «всего лишь» сравнить частоты каждого из этих вариантов у больных с COVID-19 разной тяжести. Но для того, чтобы корректно провести это сравнение, нужно, чтобы сравниваемые группы, в идеале, отличались только по варианту вируса (G614 и D614) у больных или бессимптомных вирусоносителей. Выполнить эти условия на практике очень сложно. В детали вдаваться не буду. Отмечу лишь, что авторам работы удалось найти более-менее подходящий первичный материал не в США, а в Соединенном Королевстве. При при этом размер выборок, включенных в анализ, сравнительно невелик: для варианта D614 это 242 человека, a для варианта G614  - 756. Анализ этих выборок показал, что статистически значимой разницы в частотах D614 и G614 вариантов у больных тяжелыми и легкими формами  COVID-19 нет (p = 0.66). Считать, что этот вопрос закрыт я бы не стал. Да, выраженной разницы нет. Но сравниваемые группы наиболее тяжелых больных (на интенсивной терапии) были очень маленькими (5 человек  для D614 и 39 для G614), а бессимптомные случаи вообще не исследовались.  

Есть ли разница в чувствительности вариантов G614 и D614 к нейтрализующим антителам?

Сыворотки больных COVID-19, содержащие нейтрализующие антитела, были одинаково активны в отношении нейтрализации обоих вариантов вируса. Но, было исследованы сыворотки только шести больных. Кроме этого, на предмет «перекрестной нейтрализации» не были исследованы сыворотки больных из областей, где один из вариантов вируса практически отсутствует. Полная перекрестная нейтрализация такими сыворотками была бы наиболее убедительным доказательством «антигенной эквивалентности» вариантов G614  и D614. 

Впрочем, возможность того, что вариант G614 полностью «ускользает» от нейтрализующих антител, индуцированных вариантом D614, крайне маловероятна. Однако, многие вакцины-кандидаты базируются на D614 варианте SPIKE белка. Поэтому вопрос о степени антигенной эквивалентности вирусных вариантов G614 и D614 заслуживает более глубокой проработки. 

Повышена ли вирусная нагрузка при инфекции  вариантом G614?

Вирусная нагрузка (количество вирусной РНК в мазках из носоглотки) при инфицировании вариантом G614 в среднем немного выше, чем при инфицировании вариантом D614. Но эти различия явно не драматические (p = 0.04) и разброс данных весьма велик (см. рисунок; фрагмент иллюстрации из статьи). 

PCR Ct – чем выше этот показатель, тем НИЖЕ вирусная нагрузка. Каждая точка это данные тестирования одного человека. Жирная чёрная горизонтальная линия – среднее значение PCR Ct.
PCR Ct – чем выше этот показатель, тем НИЖЕ вирусная нагрузка. Каждая точка это данные тестирования одного человека. Жирная чёрная горизонтальная линия – среднее значение PCR Ct.

При интерпретации этих данных нужно учитавать, что количество вирусной РНК не равноценно количеству инфекционного патогенного вируса. Кроме этого, если разницы в тяжести заболевания, вызываемого этими вариантами вируса нет (а это один из основных выводов статьи), то повышенная вирусная нагрузка при инфекции G614, это скорее хорошо, чем плохо. В таком случае, доза вируса выше, вреда это не приносит, а иммунный ответ («естественная иммунизация») должен быть сильнее.

Различия в характеристиках вариантов G614 и D614 in vitro.

В статье показано, что вариант G614 более инфекционен in vitro, чем вариант D614. Это значит, что  для инфицирования культур клеток необходимы меньшие дозы вируса G614. Но данные экспериментов in vitro, нельзя экстраполировать на ситуацию in vivo и эти данные (даже если они подтвердятся) совсем не означают, что в реальных условиях вариант G614 более контагиозен (заразен), чем вариант D614.  Я не даром сделал оговорку «если они подтвердятся». Дело в том, что вывод о большей инфекционности варианта G614 in vitro базируется на экспериментах с «исскуственными» вирусами, так-называемыми псевдотипами (совершенно другими вирусами в оболочку которых «встроены» разные варианты SPIKE белка). Совсем не факт, что этот результат будет воспроизводится, если проводить эксперименты по инфицированию различных культур клеток in vitro природными варианта SARS-CoV-2.  

На этом я сегодня остановлюсь, хотя в статье есть ещё немало интересных данных. Но о главном – тех результатах, которые наиболее важны с точки зрения оценки степени опасности варианта G614 - я написал. На мой взгляд пока нет оснований считать вариант G614 более опасным, чем вариант  D614. Кроме этого, я пытался показать, что ответы на вопрос «что это значит» можно получить только путем критического анализы конкретных данных. Полагаться на «выводы», сформулированные в сенсационных заголовках СМИ, не стоит. Ну а тем, кто достаточно подготовлен, советую прочесть оригинал статьи. Это хороший пример профессиональной научной работы.

Error

Anonymous comments are disabled in this journal

default userpic

Your reply will be screened