Category: животные

Category was added automatically. Read all entries about "животные".

О чём этот блог, его правила и каталог

Фактически мой блог о КОВИДе и его возбудителе. Иногда, я отвлекаюсь – «Не КОВИДом единым...», но слишком далеко не ухожу, так как пока коронавирус настолько «заполняют собой сцену», что игнорировать это невозможно. Мой блог не место для политически/идеологически мотивированных деклараций и оценок. Для этого площадок на интернете более чем достаточно. 

Ожидать от моего блога «озарений» не стоит. Я просто в ежедневном режиме «перевариваю» результаты научных исследований (опубликованных в международных научных журналах), слежу за публикациями СМИ (в значительно меньшей степени) и интерпретирую эту информацию для широкой публики. Стараюсь делать это понятно для неспециалистов, но не всё можно «объяснить на кулаках». Поэтому чтение моих постов, особенно некоторых, требует усилий от читателя.

О правилах блога. Пожалуйста, старайтесь, чтобы комментарии были в контексте соответствующего поста. Если Вас интересует моё мнение не надо присылать линк или цитату. От себя сформулируйте смысл, независимо от того, что Вас на этот вопрос натолкнуло. Пожалуйста, не злоупотребляйте вопросами, особенно теми, ответы на которые легко найти. Абсолютно недопустимы грубость, хамство, нецензурная лексика. «Виновники» будут блокироваться по полной программе. Я оставляю за собой право удалять комментарии, которые считаю «неуместными», а при «рецидивах» блокировать их авторов. Так как блог мой, решать, что уместно, а что неуместно буду я. Злоупотреблять этим правом не собираюсь, но превращать блог в площадку для пропаганды лженауки, антинауки и политико-идеологических баталий не позволю. Ниже моя авторская декларация:

· выражаю только своё мнение

· не претендую на истину в последней инстанции

· не ангажирован — у меня нет бизнес и других интересов, ограничивающих свободу моих научных оценок 

· пользуюсь надёжными научными источниками информации и оцениваю эту информацию критически

· выражаю мнение только относительно медицинских и научных аспектов и только смыслов, а не конкретных лиц, высказывающихся на те или иные темы

(с) Проф_АФВ

КАТАЛОГ БЛОГА (неполный, в работе):

Collapse )

Высокоточное предсказание 3-D структуры белков по их аминокислотной последовательности

Я уже давно не выходил за пределы «ковидной» тематики. Сегодня решил это сделать, несмотря на то, что я не специалист в области, которой посвящён этот пост. Это научное направление – предсказание 3-D структуры белков по их первичной последовательности. Начну с короткого ликбеза о белках и их структуре (те, кто базовые знания в этой области имеют, этот фрагмент поста могут опустить). Белки — это полимеры аминокислот. Аминокислот, «задействованных» в белках двадцать. В белке они связаны друг с другом однотипной связью (она называется «пептидной»), наподобие бус, в которых бусинки 20-ти цветов сцеплены друг с другом идентичными «крючочками». В каждом белке своя неповторимая последовательность «бусинок»-аминокислот, по-научному, это первичная структура белка или аминокислотная последовательность (amino acid sequence). Но в естественных условиях в виде линейной последовательности (незапутанных бус) белки не существуют. Каждая цепочка из аминокислот причудливым образом свёртывается и образует уникальную 3-D структуру («конформацию»). В 1973 году шведский биохимик, лауреат Нобелевской премии, Христиан Анфинсен сформулировал постулат, который называют «догмой Анфинсена» – конформация белка полностью определяется его первичной структурой. Вообще-то известно исключение – это прионы, но отставим эту загадку в сторону. Применимость догмы Анфинсена к подавляющему большинству белков сомнению не подвергается. Однако предсказывать достаточно точно конформацию белка по его первичной структуре (которую, благодаря секвенированию геномов, сейчас определить относительно просто) долгое время не удавалось. 

Collapse )

Чувствительность и специфичность оригинальной тест-системы на SARS-CoV-2 — "нюх собаки"

Диагностическая чувствительность и специфичность это важнейшие (но не единственные) характеристики качества любого метода диагностики. Об этом у меня был пост, который я даже повторил «год спустя» (https://prof-afv.livejournal.com/76366.html ), так как понимание этих характеристик действительно очень важно. Коротко напомню главное (для краткости опускаю слово «диагностическая»):

Чувствительность – это способность обнаруживать положительные образцы. Если все положительные образцы обнаружены - чувствительность равна 100%. Если какие-то из них не найдены, это ложноотрицательные результаты, а чувствительность пропорционально ниже.

Специфичность – это способность не ошибаться с отрицательными образцами. Если все отрицательные образцы идентифицированы правильно, то специфичность равна 100%. Если сделаны ошибки, это ложноположительные результаты, соответственно пропорционально ниже специфичность.

Чувствительность и специфичность (диагностические!) имеют смысл только тогда, когда чётко оговорено по отношению к какому стандарту они определены. Этот эталон называют «золотым стандартом». Золотой стандарт это не истина на все времена, а то, что при данном определении специфичности и чувствительности, принимается за эталон. 

А теперь конкретный пример по теме поста. Золотой стандарт это ПЦР на SARS-CoV-2. В сравнении с этим эталоном определяли чувствительность и специфичность «тест-системы нюх собаки». В экспериментах участвовали 6 специально тренированных собак. И экспериментаторы, и поводыри собак были «ослеплены» относительно статуса образцов, предъявляемых собакам- тестерам для обнюхивания. Получены следующие результаты:

Collapse )

О двух вариантах белка S в мРНК и аденовирусных векторных вакцинах против COVID-19

Тема вариантов белка S в вакцинах против COVID-19 всплыла в обсуждениях печально известных «тромбзов/тромбоцитопений» после прививки вакцинами AstraZenaca и J&J. Об этих вариантах я уже писал (https://prof-afv.livejournal.com/34934.html), но было это довольно давно и тот пост, наверное, не все читали. Поэтому я решил повторить соответствующий фрагмент старого поста, с небольшим осовремениванием.

Все высокотехнологичные вакцины против COVID-19, независимо от платформы, «заточены» на доставку одного и того же белка SARS-CoV-2.  Это белок SPIKE (он же белок S или гликопротеин S). На первый взгляд может показаться, что лучше всего «сформулировать» вакцину так, чтобы 3-D конфигурация белка S в ней точно соответствовала бы природной. Но «конструируя» вирус эволюция отнюдь не имела целью сделать его максимально уязвимым для иммунных ответов. Наоборот, целью (это фигура речи, не более) было сделать вирус максимально жизнеспособным. И природа нашла элегантное решение – конфигурация белка S не статична, она меняется после связывания этого белка с рецептором ACE2. В ходе этой трансформации белок S меняет свою форму и разрезается в определённых местах протеазами. В результате создаются подходящие условия для слияния (fusion) вирусной оболочки и клеточной мембраны, что приводит к проникновению вируса в клетку. Плюс вирус «ускользает» от иммунных ответов. 

Collapse )

Первая научная статья об ЭпиВакКороне. Часть 1

Долгожданная научная публикация о вакцине ЭпиВакКорона наконец появилась: https://www.rospotrebnadzor.ru/files/news/1699-10615-2-PB.pdf. Статья посвящена предварительным результатам  Фазы 1-2 клинических испытаний, которые пока ещё не закончены. Начну с главного – к сожалению,  многие важные научные вопросы остались без удовлетворительного ответа. Меньше всего вопросов относительно развития нежелательных явления (НЯ) после вакцинации. Судя по данным статьи, краткосрочные НЯ у вакцинированных отмечались редко и были лёгкими. Правда, количество вакцинированных было невелико – 57 человек, т.е. НЯ с частотой менее 1:100 в этом исследовании выявлены быть не могли. Тем не менее, похоже, что вакцина ЭпиВакКорона действительно низко реактогенна. А вот вопросов по иммунногенности этой вакцины много и однозначного ответа на них статья не даёт.  Поскольку речь идёт о фазе 1-2 клинических испытаний, то определение протективной эффективности на этом этапе было невозможно. Так что вопрос о протективности ЭпиВакКороны остаётся открытым, несмотря на то, что эта вакцина уже несколько месяцев находится в гражданском обороте.

Теперь о статье конкретно. Будет скучновато, придётся вникать в детали. А в них, как известно, бес кроется. Много раз повторял, но так-как этот пост на «горячую тему», повторю ещё раз – я выражаю только своё мнение (подробнее об этом в авторской декларации – см. верхний пост). 

Collapse )

Линейные В-эпитопы гликопротеина S SARS-CoV-2

Тема этого поста на первый взгляд может показаться чересчур специальной. Но, на самом деле, всё это имеет прямое отношение к вакцинам, особенно пептидным. На всякий случай предупреждаю, текст нелёгок для понимания. Итак, что такое линейные В-эпитопы? Я об этом не раз писал, но поскольку не все читатели знакомы с полным собранием моих ЖЖ-сочинений, кое-что повторю. Зайду издалека - с элементарных сведений о белках и пептидах. Белки это полимеры аминокислот. Аминокислот двадцать. В белке они связаны друг с другом однотипной связью (она называется «пептидной») наподобие бус, в которых бусинки 20-ти цветов и они не нанизаны на нить, а сцеплены друг с другом «крючочками». В каждом белке своя неповторимая последовательность «бусинок»-аминокислот. Это и есть «первичная структура белка» (часто говорят «аминокислотная последовательность» или amino acid sequence). Но в естественных условиях в виде линейной последовательности (незапутанных бус) белки не существуют. Каждая цепочка из аминокислот причудливым образом складывается, свёртывается, переплетается и образует уникальную 3-мерную структуру (третичную структуру белка). Форму которую принимает «свёрнутый» белок или его части называют конформацией. В дополнение к этому некоторые белки состоят из нескольких полипептидных цепей и в таких случаях появляется ещё один уровень структурной организации  - четвертичная структура белка. Одним из постулатов молекулярной биологии является «догма Анфинсена»  (шведский биохимик, лауреат Нобелевской премии) – конформация белка полностью определяется его первичной структурой. Вообще-то из этой догмы есть загадочное исключение –  белки, которые называются прионами, при одинаковой первичной структуре могут принимать разные конформации. Но этот отдельная большая тема и к сегодняшнему разговору она отношения не имеет. 

Collapse )

Консервативные эпитопы белка S коронавирусов. Ключ к «универсальной» вакцине?

Вплоть до недавнего времени считалось, что общих эпитопов, против которых вырабатываются, так называемые, «перекрёстно-реагирующие» антитела, у белков S «сезонных» коронавирусов и SARS-CoV-2 нет. Оказалось, что это не так. Такие антитела не только существуют, но и встречаются не так уж редко, особенно у детей. Интересно, что направлены эти антитела против эпитопов, располагающихся в S2 сегменте белка S. Эта область белка S, до сих пор была «обделена вниманием», так как считалось, что главной «мишенью» для протективного антительного ответа должна быть область RBD (receptor-biding domain), которая находится в «наружном» S1 сегменте белка S. Наличие консервативных эпитопов (т.е. общих для различных коронавирусов) в S2 сегменте, теоретически, открывает возможность для создания универсальных вакцин против коронавирусов. Конечно, это сверх-оптимистический вариант. Есть не очень обнадёживающий опыт – идее «универсальной вакцины» против гриппа уже не один десяток лет и потенциальные мишени для такой вакцины известны. А воз и ныне там... Тема не менее, новые данные чрезвычайно интересны. Подробнее напишу, чуть позже, наверное, завтра. Если кому не терпится, оригинал статьи (она опубликована в Science) здесь:   https://science.sciencemag.org/content/early/2020/11/05/science.abe1107.full

(с) Проф_АФВ 

Дизайн белков de novo в борьбе с COVID и не только с ним

Представьте препарат, который может нейтрализовать SARS-CoV-2 лучше, чем это способны сделать самые активные из известных моноклональных антител против гликопротеина S. При этом препарат можно довольно долго (по крайней мере 2 недели) хранить при комнатной температуре. В отличие от моноклональных антител, его нейтрализующая активность малочувствительна к мутациям, изменяющим эпитопы, против которых направлены моноклональные антитела. И этот препарат, помимо традиционных путей введения, можно применять и в виде спрея и распыляемого порошка.  Фантастика? Нет. Именно, такие белковые препараты и методика их создания описаны в статье недавно опубликованной в Science (оригинал статьи здесь: https://science.sciencemag.org/content/early/2020/09/08/science.abd9909)

Слово «дизайн» и его производные уже прочно вошли в русский язык. Но вот  словосочетание «дизайн белков» (protein design), тем более с добавкой de novo, вряд ли знакомо широкой публике. Дизайном белков, в принципе, можно назвать многие манипуляции, которыми владеют молекулярные биологи (они же генные инженеры, биотехнологи и т.д.). Но вот коротенькое уточнение «de novo” (вольный перевод – с чистого листа) выводит эту тему на существенно более высокий уровень. Дизайн белков de novo это не модификация какого-то белка, созданного природой. Это конструирование, без «подсказок» природы, совершенно новых белков, обладающих какими-то заданными полезными свойствами.

Collapse )

«Толчея» на аденовирусной платформе. Общий барьер впереди...

На аденовирусной платформе сделаны четыре из девяти вакцин-кандидатов против SARS-CoV-2/COVID-19, вышедших на «финальный круг гонки» (Фазу 3 клинических испытаний). У трёх из этих вакцин вектор это модифицированный аденовирус (Ad) человека двух типов  (5-го и 26-го). Это китайская CanSinoBio (Ad5), российская ГамКовидВак (Ad26 и Ad5) и американская Ad26.COV2.S (Ad26). Протоколы вакцинации CanSinoBio и Ad26.COV2.S предполагают однократную иммунизацию. В случае ГамКовидВак вакцинация включает двукратную иммунизацию (сначала «Ad26» и через 3 недели «Ad5»). Вакцина AZD1222 («оксфордская»/AstraZeneka) в этой группе стоит особняком. В этом случае вектор это модифицированный Ad шимпанзе. Все четыре вакцинных препарата вводятся внутримышечно. На «дальних подступах» есть ещё одна перспективная вакцина-кандидат, сделанная с использованием другого типа Ad шимпанзе. Эту вакцину предполагается вводить интраназально (капли в нос), причём однократно. Подробнее о ней здесь: https://prof-afv.livejournal.com/37797.html. Но до финального круга ей пока далеко.

Collapse )

Одно закапывание в нос защищает от COVID, но пока только мышей...

Я неоднократно подчёркивал, что успех доклинических испытаний на животных, не означает, что всё пойдёт также в клинических испытаниях. Особенно осторожно нужно относиться к данным, полученным в экспериментах на низших животных, включая «гуманизированных». Тем не менее, меня заинтриговали результаты работы, выполненной на мышиной модели COVID-19. Статья опубликована онлайн в журнале Cell (оригинал здесь: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420310680).

В этой работе была использована модель COVID-19 на «временно гуманизированных» мышах. Эти мыши не были трансгенными животными, у которых мышиный ACE2 был бы заменён на человеческий «на постоянной основе». Их «гуманизировали» временно с помощью вирусного вектора (между прочим, на основе человеческого аденовируса 5-го типа). С помощью этого вектора ген человеческого ACE2 доставляли в клетки дыхательных путей мышей, т.е. в этих клетках появлялся рецептор к SARS-CoV-2. В результате мыши не только становились чувствительными к инфицированию этим вирусом, но и у них развивалось заболевание, напоминающее COVID.

Collapse )