Category: наука

Category was added automatically. Read all entries about "наука".

О чём этот блог, его правила и каталог

Фактически мой блог о КОВИДе и его возбудителе. Иногда, я отвлекаюсь – «Не КОВИДом единым...», но слишком далеко не ухожу, так как пока коронавирус настолько «заполняют собой сцену», что игнорировать это невозможно. Мой блог не место для политически/идеологически мотивированных деклараций и оценок. Для этого площадок на интернете более чем достаточно. 

Ожидать от моего блога «озарений» не стоит. Я просто в ежедневном режиме «перевариваю» результаты научных исследований (опубликованных в международных научных журналах), слежу за публикациями СМИ (в значительно меньшей степени) и интерпретирую эту информацию для широкой публики. Стараюсь делать это понятно для неспециалистов, но не всё можно «объяснить на кулаках». Поэтому чтение моих постов, особенно некоторых, требует усилий от читателя.

О правилах блога. Пожалуйста, старайтесь, чтобы комментарии были в контексте соответствующего поста. Если Вас интересует моё мнение не надо присылать линк или цитату. От себя сформулируйте смысл, независимо от того, что Вас на этот вопрос натолкнуло. Пожалуйста, не злоупотребляйте вопросами, особенно теми, ответы на которые легко найти. Абсолютно недопустимы грубость, хамство, нецензурная лексика. «Виновники» будут блокироваться по полной программе. Я оставляю за собой право удалять комментарии, которые считаю «неуместными», а при «рецидивах» блокировать их авторов. Так как блог мой, решать, что уместно, а что неуместно буду я. Злоупотреблять этим правом не собираюсь, но превращать блог в площадку для пропаганды лженауки, антинауки и политико-идеологических баталий не позволю. Ниже моя авторская декларация:

· выражаю только своё мнение

· не претендую на истину в последней инстанции

· не ангажирован — у меня нет бизнес и других интересов, ограничивающих свободу моих научных оценок 

· пользуюсь надёжными научными источниками информации и оцениваю эту информацию критически

· выражаю мнение только относительно медицинских и научных аспектов и только смыслов, а не конкретных лиц, высказывающихся на те или иные темы

(с) Проф_АФВ

КАТАЛОГ БЛОГА (неполный, в работе):

Collapse )

Открытие вируса гепатита С

Вместо введения

Началась «нобелевская неделя». По традиции первыми объявлены имена лауреатов премии 2021г в области физиологии и медицины. Признаюсь, к Нобелевским премиям по медицине я не испытываю особого пиетета. Количество действительно выдающихся научных достижений, на мой взгляд, явно недостаточно для ежегодного присуждения премии. Открытия, за которые она присуждается, далеко не равноценны по «научному калибру». Да и относятся они к настолько разным областям, что сравнивать их уровень порой невозможно. Некоторые из оговорённых в завещании Нобеля условий мне кажутся устаревшими и несправедливыми. Скажем, условие «не больше трёх лауреатов» оставило «за бортом» немало учёных, заслуживающих премию в неменьшей степени, чем получившие её лауреаты. Да и само официальное название премии «по физиологии и медицине» сейчас звучит архаично. Наконец, Нобелевский Комитет для меня, и думаю я не одинок, не является инкарнацией Высшей Научной Мудрости. Правда, политическая мотивация при присуждении премий по науке минимальна, чего не скажешь о ненаучных Нобелевских премиях. Но, как бы там ни было, так сложилось, что Нобелевская премия стала, выражаясь современным языком, самым «раскрученным» призом за научные достижения и, несомненно, лауреаты научных Нобелевских премий это всегда крупные учёные. Что касается Нобелевской премии этого года, то эта область исследований очень далека от границ моей профессиональной компетенции и от тематики этого блога. Но, благодаря напоминанию от ЖЖ «о посте год назад», я перечитал посты, посвященные Нобелевской премии по медицине прошлого года. Она была присуждена за открытие вируса гепатита С. Я, наверное, предвзят – область этой премии мне профессионально близка. Но это тот редкий случай, когда стандартные, для пост-премиальных комментариев, обещания «прорыва» в борьбе с той или иной болезнью реализовались. Мне показалось, что есть смысл повторить, посвященные этой премии посты годичной давности, с минимальными изменениями. Этот текст длиннее обычного, но история того стоит. 

Collapse )

Тестирование Т-клеточного иммунитета против SARS-CoV-2. Сложно, дорого, малоинформативно…пока

После долгого перерыва возвращаюсь к теме T-клеточного иммунитета. Тема сложная. Для того чтобы в ней не «утонуть», необходимо знание основ, хотя бы на популярном уровне. Поэтому перед прочтением этого поста советую ознакомиться с моим популярным текстом об основных блоках иммунной системы (https://prof-afv.livejournal.com/42161.html).

В заглавии поста есть слово «малоинформативно». Это нуждается в пояснении. Есть два контекста использования тестов на Т-клеточный иммунитет против SARS-CoV-2 – исследовательский и практический. Для исследовательских целей эти тесты (если они выполнены на должном методическом уровне) весьма информативны. А вот когда они используются в диагностической практике, их результаты, увы, пока малоинформативны. Почему так? Если коротко, то потому, что каков бы ни был результат этих тестов, что это значит с точки зрения защиты (или её отсутствия) от вируса и/или заболевания, сказать невозможно. К тому же результаты Т-клеточных тестов не сводятся к одному простому показателю (типа титра антител) и для этих тестов даже в перспективе не просматривается нечто аналогичное защитному титру антител. Если копать поглубже, то нужно сначала разобраться с тем, как работают современные тесты для определения Т-клеточных иммунных ответов.

Collapse )

Высокоточное предсказание 3-D структуры белков по их аминокислотной последовательности

Я уже давно не выходил за пределы «ковидной» тематики. Сегодня решил это сделать, несмотря на то, что я не специалист в области, которой посвящён этот пост. Это научное направление – предсказание 3-D структуры белков по их первичной последовательности. Начну с короткого ликбеза о белках и их структуре (те, кто базовые знания в этой области имеют, этот фрагмент поста могут опустить). Белки — это полимеры аминокислот. Аминокислот, «задействованных» в белках двадцать. В белке они связаны друг с другом однотипной связью (она называется «пептидной»), наподобие бус, в которых бусинки 20-ти цветов сцеплены друг с другом идентичными «крючочками». В каждом белке своя неповторимая последовательность «бусинок»-аминокислот, по-научному, это первичная структура белка или аминокислотная последовательность (amino acid sequence). Но в естественных условиях в виде линейной последовательности (незапутанных бус) белки не существуют. Каждая цепочка из аминокислот причудливым образом свёртывается и образует уникальную 3-D структуру («конформацию»). В 1973 году шведский биохимик, лауреат Нобелевской премии, Христиан Анфинсен сформулировал постулат, который называют «догмой Анфинсена» – конформация белка полностью определяется его первичной структурой. Вообще-то известно исключение – это прионы, но отставим эту загадку в сторону. Применимость догмы Анфинсена к подавляющему большинству белков сомнению не подвергается. Однако предсказывать достаточно точно конформацию белка по его первичной структуре (которую, благодаря секвенированию геномов, сейчас определить относительно просто) долгое время не удавалось. 

Collapse )

Популяционное исследование частоты антител против SARS-CoV-2 у жителей Санкт-Петербурга

Около месяца назад, в журнале Nature Scientific Reports опубликована статья питерских исследователей, озаглавленная «Seroprevalence of SARS-CoV-2 antibodies in Saint Petersburg, Russia: a population-based study” (https://www.nature.com/articles/s41598-021-92206-y). Я её как-то пропустил и обнаружил благодаря подсказке одного из читателей. Отечественные исследователи SARS-CoV-2/COVID-19 не часто радуют публикацией в международных научных журналах. Конечно, Nature Scientific Reports это не Nature, хотя и связан с последним «родственными узами». Тем не менее, импакт-фактор этого журнала достаточно высок (около 4). Но главное не это. Корреляция между импакт-фактором журнала и качеством конкретной статьи, опубликованной в нём, далеко неполная. И в престижных журналах бывают плохие статьи и отличные работы публикуются в менее престижных журналах. В этой работе нет ничего сенсационного – просто определена частота антител против SARS-CoV-2 у жителей Санкт-Петербурга в конкретный и достаточно давний временной интервал (с 27 мая по 26 июня 2020). Но то, как это сделано, заслуживает высокой оценки! 

Collapse )

«Cпутник» на аргентинской орбите – выработка антител проходит штатно

На днях в журнале Сell Reports Medicine принята к печати статья аргентинских авторов, в которой представлены данные об иммуногенности Спутника V, оцениваемой по выработке специфических антител ( https://www.cell.com/cell-reports-medicine/pdf/S2666-3791(21)00208-1.pdf ).

В принципе, почти ничего нового в этой статье нет. Представленные данные «лишь» подтверждают, что после прививки Спутником V (он же ГамКовидВак) в крови появляются антитела против SPIKE (S) белка SARS-CoV-2, в том числе нейтрализующие вирус in vitro. Я поставил «лишь» в кавычки потому, что независимое подтверждение данных, касающихся той или иной вакцины, немалого стоит. А эта работа целиком выполнена аргентинскими специалистами и, кстати, сделано это на хорошем методическом уровне. Теперь конкретно о результатах:

Collapse )

Ингаляции «нано(анти)тел» высокоэффективны против SARS-CoV-2 у хомячков. Пока хомячков?

За год с небольшим существования моего блога я «наваял» больше 300 постов. Среди них попадались такие, в которых я писал: «эта работа/направление мне кажутся перспективными». Далеко не все из этих «семян» взошли. По поводу некоторых историй я терпеливо жду... Но кое-что «проросло», хотя, что в конечном итоге вырастет пока неясно. Одна из таких историй была о профилактическом/терапевтическом потенциале, так называемых, «нанотел» (nonobodies). Об этом у меня был пост в августе 2020 (https://prof-afv.livejournal.com/36668.html). Возможно, постоянным читателям моего блога он запомнился картинкой, на которой изображена лама (Lama glama) – южно-американский «родственник» верблюдов.

Collapse )

В этот день 1 год назад

Ни один из препаратов потенциал которых для лечение COVOD-19 был декларирован в исследовании, которому посвящён этот пост, не применяется для лечения COVID-19 год спустя. Но посыл этого поста шире — научный калибр исследования далеко не всегда коррелирует со степенью технологической «навороченности»  

Разные чувствительности и специфичности...

Интересных «ковидных» новостей много, но времени у меня не хватает. Поэтому время от времени я пользуюсь трюком «об этом писал год назад...». Сегодняшний «повторный показ» из этой серии это общеобразовательный текст на тему далеко выходящую за пределы COVID-19. Этот пост о базовых вещах, относящихся к диагностике в целом. Не уверен, что многим погружение в теорию диагностики будет интересно. Но поверьте на слово, если вы разберётесь в этой довольно запутанной системе понятий, то на многое, касающееся диагностики вообще, вы станете смотреть другими глазами. Ниже чуть-чуть изменённый текст этого старого поста (https://prof-afv.livejournal.com/9306.html).

Термины специфичность и чувствительность звучат часто, особенно в медицинской речи. Нередко заявляется, что тест-система имеет чувствительность и специфичность близкие к 100%, а то и все 100%. Попутно также говорится, что тест-система имеет исключительно высокую чувствительность и способна обнаружить всего несколько вирусных частиц или же молекул геномной РНК. Вам не кажется это странным? Как один и то же параметр может измеряться в процентах и количеством частиц/молекул? 

Collapse )